畜禽运输车使用后，应先对车辆进行清洗和消毒。清洁包括车厢内部和外部。一般长途运输后，车厢上会有很多灰尘污垢。这时候就需要用高压水枪进行清洗了。外部清洗完成后，车厢内部也要进行彻底的清洗和消毒，如加料系统中的管道、加料喷嘴、液体食品盒、恒温系统中的排风扇等。管道、喷嘴、气动水箱、污水箱、活家禽通道等。在喷水系统中应彻底清洗。清洗后，应进行全面消毒。消毒一方面可以保证车辆的清洁卫生，另一方面也可以避免活禽运输的交叉感染。消毒后要保证车辆的正常通风。
清洗后，检查底盘的重要部件，如轮胎是否正常，液压油箱是否需要更换或添加液压油，并使用润滑油润滑所有需要润滑的部件，以确保所有部件的正常使用。如果长时间不使用车辆，必须及时排干水箱中的水，并关闭各系统的开关，保证下次正常使用。
现在的畜禽运输车不再是仓栅式结构，配置更加高端。因此，应该更加重视保养，使活禽运输更加快捷高效，让人们吃到放心肉。
